По результатам суммарного рейтинга министерства образования и науки РФ Кемеровский государственный университет вошел в сотню ведущих российских вузов. Он занимает в списке 387 высших учебных заведений 96-ю позицию.
Рейтинг 387 российских вузов опубликован на сайте информационно-коммуникационной площадки министерства образования и науки РФ. Место университета в нем определяет ряд показателей, в числе которых количество реализованных и реализуемых вузом проектов, участие в программах инновационного развития. Также учитывается сумма привлеченных в вуз бюджетных и внебюджетных средств на данные цели.
В течение 2010-2011 годов в КемГУ реализовано 14 инновационных проектов в рамках федеральных целевых и аналитических ведомственных целевых программ (для сравнения: максимальный показатель — 196). Благодаря научной деятельности университета в программу развития вуза привлечено 135,224 миллиона рублей бюджетных и 1,377 миллиона внебюджетных средств.
В КемГУ реализуется программа формирования инновационной среды: создан Университетский научно-инновационный комплекс, открыты два центра коллективного пользования научным оборудованием, молодежный бизнес-инкубатор "Импульс", центр развития инновационных компетенций. Зарегистрировано более 30 объектов интеллектуальной собственности. При вузе действует 17 малых инновационных предприятий (МИПов).
Возглавляют рейтинг крупные федеральные и исследовательские университеты: Московский государственный технический университет, Московский государственный университет и Национальный исследовательский ядерный университет (МИФИ). Вузы Кузбасса, вошедшие в выборку Минобрнауки РФ, занимают в топ-листе следующие позиции: Кемеровский технологический институт пищевой промышленности — 161, Кузбасский государственный технический университет — 167, Кемеровский государственный сельскохозяйственный институт — 238.