Расследование проводилось в соответствии со стандартами Международной организации гражданской авиации (ИКАО), межправительственным соглашением 12 государств региона, участниками которого являются Россия и Армения, а также в соответствии с правилами расследования авиационных происшествий с гражданскими воздушными судами, утвержденными правительством РФ.

МАК 17 июня 2006 года завершил расшифровку записей, зарегистрированных параметрическим самописцем самолета A-320, а также синхронизацию бортовых и наземных средств объективного контроля.

Согласно заключению МАК, опубликованному 26 июля 2006 года, причиной гибели А-320 стали неадекватные действия командира экипажа. Сбоя работы двигателей и систем лайнера зарегистрировано не было, самолет реагировал на указания автопилота и действия экипажа, а уровень топлива в баках был достаточен для успешного завершения полета, говорится в документе.

Сразу после опубликования заключения МАК в Армении начали распространяться слухи о том, что причиной крушения стала потасовка на борту А-320 между криминальными группировками, о чем якобы свидетельствуют телефонные звонки с борта самолета.

Однако ГУГА Армении тогда заявило, что версия о потасовке и взрыве, якобы ставшем причиной крушения, абсолютно не соответствует действительности и была полностью опровергнута экспертами при расследовании катастрофы. Кроме того, утверждалось в заявлении ГУГА, ни одна официальная инстанция не обладает информацией о телефонных звонках, якобы сделанных с борта самолета.

В дальнейшем ГУГА Армении также обнародовало свои замечания, представленные в МАК, о результатах расследования авиакатастрофы А-320 под Сочи.